欲望と暴力が渦巻く街…神室町。
親友のため、愛する女のために「親殺し」という汚名を背負った1人の男がいた。
かつては“堂島の龍”と呼ばれた伝説の極道、桐生一馬 。
10年後、運命に導かれて男は再び神室町へと戻る。
しかし彼を待っていたのは、自分を恨むかつての組織の人間たちと危険な罠だった。
次々に起こる謎の事件が孤独な彼をさらに追い詰める。
そして男は100億の価値があるという 1人の少女と出会う。
2人の運命が交わる時、男は戦いを誓う。
未来を信じる少女のために。
過去から逃げた自分を取り戻すために。
そして2人は「人として生きることの意味」を見つけてゆくのであった。
シリーズ1作目から1年… 伝説の男は帰ってきた。
2006年12月15日…
関東最大の組織、東城会と"消えた100億"を巡る一大事件から一年が経った日。桐生一馬は、少女・遥とともに慎ましくも幸せな日々を送っていた。だが、そんな彼等の目の前で惨劇は起こってしまう…。東城会会長・寺田行雄の死。"堂島の龍"と呼ばれた伝説の男は、運命の糸にたぐり寄せられるように、渡世へと戻っていく。
1年前の事件により弱体化した東城会を救うべく、桐生は寺田の遺した"書状"を手に、関西へ向う決意を固める。しかしそこで待っていたのは、"関西の龍"と呼ばれる最強の極道、郷田龍司と"ヤクザ狩りの女"といわれる刑事、府警四課主任、狭山薫という1人の女性だった。桐生を待ち受ける宿命とは？ 隠された過去に秘められた真実とは？ 最後に神室町を制するのは関東か関西か？
時は1605年。徳川幕府という権力の統治下となっていた日本を背景に人間の欲望と金が集まる町「祗園色町」に1人の男が生きる。「祗園の龍」こと桐生一馬之介。またの名を「宮本武蔵」である。金さえ払えば、どんな仕事でも引き受けると言われるこの男のもとに、ある日、1人の少女が訪れる。少女の名は“遥”。汚れた風呂敷と一本の脇差を抱えた遥は、急な来客に戸惑う桐生に対し、「宮本武蔵を殺してください」と依頼する。それは彼の人生、そして“関ヶ原”に隠された陰謀に繋がっていく……。
桐生はかつての自分、“もう一人の宮本武蔵”という男の影を追いかけて、京の町へと飛び出していくのだった。
